“Төрийн хяналт шалгалтын тухай хууль”-ийн 6.4-д заасныг үндэслэн “Аж ахуйн нэгж, байгууллагын үйл ажиллагаанд дотоод хяналт шалгалтыг зохион байгуулах нийтлэг журам”-ыг Монгол Улсын Засгийн газрын 2011 оны 11 дүгээр сарын 09-ны өдрийн 311 дүгээр тогтоолоор баталжээ.

Энэхүү нийтлэг журмын зорилго нь аж ахуйн нэгж, байгууллагын хэмжээнд дотоод хяналт шалгалтыг зохион байгуулахтай холбогдсон харилцааг зохицуулах ба тус журамд нийцүүлэн аж ахуйн нэгж байгууллага бүр үйл ажиллагааны онцлогт тохирсон “Дотоод хяналтын журам”-ыг боловсруулж, дотоод хяналт шалгалтыг зохион байгуулах нэгж, ажилтанг томилон  ажиллуулах юм байна.

Төрийн болон орон нутгийн өмчийн аж ахуйн нэгж, байгууллагын “Дотоод хяналт шалгалтыг зохион байгуулах журам”-ыг яам, эрхлэх ажлын хүрээнд үйл ажиллагаа явуулж байгаа агентлаг, харьяа бусад байгууллага, аж ахуйн нэгжид /ААН/ Монгол Улсын сайд, өөрийн болон доод шатны Засаг даргын ажлын алба, харьяа байгууллага, ААН-д аймаг нийслэлийн Засаг дарга, бусад тохиолдолд тухайн  байгууллага, ААН өөрөө баталж мөрдөх аж. Дотоод хяналт шалгалтын ажилтан нь тухайн аж ахуйн нэгж, байгууллагын эрхэлж байгаа үйл ажиллагааны чиглэлээр мэргэжил, боловсрол эзэмшиж мэргэшсэн, ажлын дадлага туршлагатай байх шаардлагатай. Тухайн аж ахуйн нэгж, байгууллагын үйл ажиллагааны онцлог, үйлдвэрлэл, үйлчилгээний чиглэл, хэмжээ, зохион байгуулалтын бүтэц, харьяалагдах нэгж, объектын тоог харгалзан тухайн жилд хийх хяналт шалгалтын ажлын тусгайлсан төлөвлөгөөг боловсруулан эрх бүхий албан тушаалтнаар батлуулж, мөрдөн ажиллана. Харьяа байгууллага, аж ахуйн нэгжид дотоод хяналт шалгалтыг  явуулахдаа эрх бүхий албан тушаалтны баталсан удирдамжийн дагуу гүйцэтгэж хяналт шалгалтын ажлын дүн, авсан арга хэмжээний талаар улиралд нэгээс доошгүй удаа тухайн аж ахуйн нэгж, байгууллагын удирдлагын хурлаар хэлэлцүүлж, шаардлагатай бол зохих шийдвэр гаргуулж мэдээлэх юм байна.