Авлигатай тэмцэх газрын Мөрдөн шалгах хэлтсээс өнгөрсөн арваннэгдүгээр сарын 11-нд Улсын хоёрдугаар төв эмнэлгийн дарга Я.Амаржаргалыг баривчилж, ШШГЕГ-ын харъяа Цагдан хорих 461 дүгээр ангид саатуулсан. Тодруулбал, түүнийг эм, эмнэлгийн хэрэгсэл худалдан авахад авлига, ашиг сонирхлын зөрчил үүссэн гэх шалтгаанаар баривчилсан. Цагдан хоригдоод байсан түүнийг шүүхийн шийдвэрээр батлан даалтад гаргаж, хилийн хориг тавьжээ. 

Албан бус эх сурвалжийн мэдээллээр түүнийг нэр бүхий улстөрчидтэй хамтран 10 гаруй тэрбум төгрөг угаасан байж болзошгүй гэх хэрэгт шалгагдаж буй. 

Эрүүл мэндийн яамны Төрийн нарийн бичгийн дарга асан Я.Амаржаргалыг энэ оны хоёрдугаар сард үүрэгт ажлаас нь чөлөөлөн, Улсын хоёрдугаар төв эмнэлгийн захирлаар томилсон юм. Тэрбээр Анагаах ухааны дээд сургуулийг хүний их эмч мэргэжлээр төгссөн. ОХУ-ын Томск хотын генетикийн хүрээлэн, ЭМШУҮИС-ийн докторантурт сурч, 2012 онд анагаах ухааны докторын зэрэг хамгаалсан.

Түүний ХОМ-ээс дурдвал, жилийн орлого 2019 онд 148 сая төгрөг байсан бол 2020 онд 57 сая төгрөг болж буурчээ. Гэр бүлийн орлого 80 сая. Хоёр нийтийн орон сууц, зуслангийн байшинтай, эдгээр нь 298 сая төгрөг. Тээврийн хэрэгслийн хувьд 78 сая төгрөгөөр үнэлэгдэх жийп болон туулах чадвар өндөр, "Toyota Highlander", суудлын жижиг машин,"Toyota Camry" зэрэг хоёр автомашинтай. Засгийн газрын 513 ширхэг хувьцаа эзэмшдэг, 20 сая төгрөгийн хадгаламжтай. Гадаадын банкинд хадгаламжгүй, авлага, зээлгүй гэжээ. 

Я.Амаржаргал 2000-2002 онд АНУ-ын Алабамын Их сургуулийн Нийгмийн эрүүл мэндийн сургуульд нийгмийн эрүүл мэнд, олон улсын эрүүл мэндийн чиглэлээр магистрын зэрэг хамгаалсан. 2010 онд Удирдлагын академийн Төрийн удирдлагын сургууль төгссөн. Тэрбээр Эрүүл мэндийн яаманд 2005 оноос хойш ажилласан бөгөөд 2019 оны аравдугаар сараас ЭМЯ-ны Төрийн нарийн бичгийн даргын албан үүргийг түр орлон гүйцэтгэгчээр ажиллаж байгаад өнгөрсөн оны аравдугаар сараас тус албан тушаалд жинхлэгдэж байв.