МҮОНРТ-д үүсээд байгаа асуудал зөвхөн уран бүтээлчид ба удирдлагуудын хоорондын зөрчил биш юм. Үндсэндээ монгол хэл, түүх, соёл, өв уламжлал, дархлаа, үндэс угсааны тухай  асуудал цаана нь давхар хөндөгдөж байна.

Анх Ерөнхий сайдын мэдэлд байсан тус агентлагийг 2005  онд олон нийтийн статустай болгож хуульчлах санаачлагыг тухайн үеийн Ерөнхий сайдаар ажиллаж байсан Ц.Элбэгдорж гаргаж байжээ. Тиймээс МҮОНРТ гэж заавал байх ёстой эсэх, тус байгууллагыг төсвөөс санхүүжүүлэхийн зөв буруу, хуулийн өөрчлөлт шаардлагатай үгүй зэрэг асуудлаар Монгол Улсын дөрөв дэх Ерөнхийлөгч Ц.Элбэгдоржийн байр суурийг сонирхсон юм.