МУИС-ийн Удирдах зөвлөлөөс тус сургуульд бүтцийн өөрчлөлт хийж, 15 салбар сургуулийг  таван факультет болгон нэгтгэх шийдвэрийг өнгөрсөн 2013 оны арванхоёрдугаар сарын 16-нд гаргасан.

Энэхүү шийдвэрийг хууль бус гэж МУИС-ийн багш нар эсэргүүцэн, Иргэний хэргийн шүүхэд гомдол гаргаад байсан. Иргэний хэргийн шүүхээс гомдлыг хянан үзээд МУИС-ийн Удирдах зөвлөлийн шийдвэрийг хуулийн хэд хэдэн заалтыг зөрчсөн гэж үзэн шийдвэрийг түр түдгэлзүүлэх шийдвэр гаргажээ.

Өөрөөр хэлбэл энэ маргааныг эцэслэн шийдвэрлэх хүртэл бүтцийн өөрчлөлт хийх шийдвэрийг түдгэлзүүлэхээр болсон байна.