Говь-Алтай аймгийн Мэргэжлийн хяналтын газар  Дотоод хяналтын систем хэрэгжүүлж эхэлсэн байна. Дотоод хяналт сайжирснаар хууль, тогтоомж, стандартуудын хэрэгжилтийг давхар шалгаж, тухайн чиглэлийн улсын байцаагчдын хяналт шалгалтын ажилд үнэлэлт, дүгнэлт өгөх, тэдний ажлын хариуцлагыг сайжруулж, шалгалтын чанар дээшлэх боломжтой гэж үзэж байна. Нөгөөтэйгүүр төрийн албан хаагчид төрөөс  хvлээсэн vvрэг, хариуцлагаа хэрхэн яаж хэрэгжvvлж буйг хянах давхар хяналтын систем буюу  дотоод аудит, дотоод хяналтыг ч тус байгууллага хэрэгжүүлж байгаа ажээ.